配置、端口、配额与存储参考

本文集中列出本地模式和 Docker 的环境变量、默认端口、工作区相关配额及存储布局。实际部署步骤见部署指南。

环境变量（本地模式）

cp .env.example .env
set -a && source .env && set +a
./scripts/run-local.sh

Ascend NPU Broker 面向需要访问宿主 Ascend 设备的部署，且需要管理员明确开启。没有 Ascend NPU、未安装 CANN/MindSpore，或不希望 Agent 调用宿主 NPU 时，请保持 SCIENCE_AGENT_NPU_BROKER=0；此时工具表不会包含 run_npu_job。本地模式启用后仍使用正常启动入口。启用 Broker 前，应先创建并验证至少一个可导入所需 CANN/MindSpore 栈的 ScienceDiscovery 包含 Python 的托管科学环境。内置 NPU workload（包括 npu.smoke_test）用 environment_list 返回的 environment_id 选择环境；省略时由 API 解析 Session 所选环境。API 选择该环境最新版 Revision，供 Broker 内部执行与审计；Agent 不能选择历史版本，environment_revision_id 会被拒绝。SCIENCE_AGENT_NPU_WORKLOAD_CONFIG 留空时使用仓内默认白名单，当前包含 npu.smoke_test 与 antibody.protenix.v1；如需新增模型，提供自定义 JSON 白名单并固定 entrypoint，而不是让 Agent 传任意命令。SCIENCE_AGENT_NPU_PYTHON 仅保留给显式使用 ${python} 的自定义白名单；仓内默认白名单使用 ${managedPython}，不会读取它。修改白名单 JSON 等价于修改可执行代码入口，应作为部署变更审查；模型权重、数据库、HMMER、CANN、MindScience checkout 等站点资产不进入仓库，通常通过上面的环境变量或 workload 配置引用。

浏览器仅将本地服务访问令牌保存在 local storage。模型凭证只存在于后端存储。

配额层级

这些默认值来自 services/api/src/workspace-upload.ts、services/runner/src/executor.ts 和 .env.example，含义不同，不能互相替代：

GET /health 的 workspace.maxFileBytes、maxRequestBytes、maxWorkspaceBytes 分别报告 API 上传单文件、上传请求和 Runner 工作区上限。它不报告 stdout/stderr 上限。

Docker 环境变量

Compose 读取仓库根目录 .env（模板为 .env.docker.example），把下面的键插值到 docker-compose.yml。它们分两层：编排层只影响 Compose 如何启动容器；容器层由服务的 environment 块逐个转发进容器，留空等于使用内置默认值。操作步骤与分层说明见Docker 部署。

编排层

容器层

镜像内固定的值不经 .env 修改：SCIENCE_AGENT_DATA_DIR=/app/data、SCIENCE_AGENT_HOST=0.0.0.0、SCIENCE_AGENT_PORT=4310、SCIENCE_AGENT_RUNNER_HOST=127.0.0.1、SCIENCE_AGENT_RUNNER_PORT=4311、SCIENCE_AGENT_RUNNER_URL，以及镜像内 Python 环境、模型目录快照与 micromamba 种子的路径。默认 JiuwenSwarm 模式下，adapter 在容器内监听 0.0.0.0:4310，API 移至容器内 :4410；native 模式下 API 直接监听 :4310。Runner 4311 保持在容器回环，对外只发布 4310。本地模式的 SCIENCE_AGENT_MICROMAMBA_BASE_URL 在 Docker 中不需要：镜像已内置并播种固定版本的 micromamba，运行时不再下载。其余本地模式变量（如 HTTP_PROXY）未被转发，需要时通过 docker-compose.override.yml 追加到服务的 environment 块。

存储布局

应用持久化数据默认都在仓库内（除非覆盖）：

数据目录是唯一运行时根：通过设置 SCIENCE_DISCOVERY_DATA_DIR 可同时迁移状态与服务环境（例如 SCIENCE_DISCOVERY_DATA_DIR=/srv/science-discovery ./scripts/run-local.sh）。原 SCIENCE_AGENT_DATA_DIR 仍作为兼容回退读取并打印日志；新旧同时设置时 SCIENCE_DISCOVERY_DATA_DIR 优先，且会记录该选择。对于仓库启动器，已有默认 data 目录会一次性移动到 .sciencediscovery-data。对于单文件 launcher，已有默认 ./science-discovery-data 或更早的 ./science-agent-data 会按由新到旧的顺序一次性导入 ./.sciencediscovery-data；目标已存在时绝不覆盖并打印跳过原因。删除当前生效的数据目录会清除所有项目、会话、凭证与审计记录。在 Docker 部署中，同一目录就是宿主上的 bind mount ./data，区别只在于 envs/ 位于镜像内。services/paper/.venv 与 services/gateway/.venv 仅在独立开发或 smoke 命令中出现；应用本身使用 .sciencediscovery-data/envs/ 下的环境。

单文件 payload 覆盖变量遵循同一命名和优先级：用 SCIENCE_DISCOVERY_PAYLOAD_CACHE_DIR 指定解包缓存，或用 SCIENCE_DISCOVERY_PAYLOAD_DIR 指定已解包 payload；对应的 SCIENCE_AGENT_* 名称继续作为带日志的兼容回退。